君主治国的要务在于视听和纳谏。在掌握信息方面，诸葛亮融合了法家的手段和儒家的观念，强调君主明察下情，多方了解。“为政之道，务于多闻，是以听察采纳众下之言，谋及庶士，则万物当其目，众音佐其耳。”从他强调“人君以多见为智，多闻为神”来看，他受申不害、韩非的影响较大，主要偏重于防范“或有吁嗟之怨而不得闻，或有进善之忠而不得信”（《视听》）。但在纳谏方面，诸葛亮又采取儒家观点，强调纳谏对君主的矫正作用。“纳言之政，谓为谏诤，所以采众下之谋也。故君有诤臣，父有诤子，当其不义则诤之，将顺其美。匡救其恶。”他特别指出拒谏会导致排挤忠臣，邪佞专政。纳谏的责任在君主，“屋漏在下，止之在上，上漏不止，下不可居矣。”（《纳言》）
君主察疑，关键是区分正邪。看到“红紫乱朱色，淫声疑正乐”。察疑目的是解疑，君主要学会明断，“计疑无定事，事疑无成功”，这又表现出儒家与法家的杂糅。察疑的主导权在上不在下。“不患外不知内，惟患内不知外；不患下不知上，惟患上不知下；不患贱不知贵，惟患贵不知贱。”尤其是决狱行刑，如果无罪而被冤枉，有罪而蒙宽恕，会对社会造成极大危害，招致祸乱。诸葛亮举例道：“形惧声哀，来疾去迟，还顾吁嗟，此怨结之情不得伸也。下瞻盗视，见怯退还，喘息却听，沉吟腹计，语言失度，来迟去速，不敢反顾，此罪人欲自免也。”（《察疑》）对照诸葛亮在蜀的执法行为，可以说他在仁政和酷法之间把握了恰当的分寸。
治民先要治官。治人的根本是导之风化，而要推行教化先要官得其人。“治人犹如养苗，先去其秽”，即像清除稗草那样清除害民官吏。亲民官吏搜刮过度，会造成饥乏乱逆。劝课农桑要无夺其时，薄赋轻敛要无尽民财（《治人》）。所以，诸葛亮认为，治国之道，务在举贤，奉行孔子“举直措诸枉”的思想。他说：“夫治国犹于治身，治身之道，务在养神，治国之道，务在举贤，是以养神求生，举贤求安。”“治国之道，举直措诸枉，其国乃安。”（《举措》）他特别强调，举贤要关注隐逸。“夫柱以直木为坚，辅以直士为贤，直木出于幽林，直士出于众下，故人君选举，必求隐处。”在现实中的人才，有的才高而湮没下层，有的卓绝而不愿出仕，有的不同流俗而不得推荐，有的隐居山林以保全志节，还有的被谗言构陷而遭遇不公。一旦“谗邪得志，忠直远放”，欲求国治而不可得。诸葛亮用十分浅近的比喻说道，入仕如同嫁女，倒贴男家以求嫁出之女，是自失身份的。所以，真正的人才应该由执政者以礼相聘。
在官吏选任上，诸葛亮主张“为人择官者乱，为官择人者治”（《举措》）。对于在职官吏，诸葛亮强调考绩黜陟的重要性。“考黜之政，谓迁善黜恶。”君主要做到“进用贤良，退去贪懦”；“劝善黜恶，陈之休咎”（《考黜》）。他从民生出发，列举了考绩黜陟的五个重点，称为“五苦”：一是以权谋私，“或有小吏因公为私，乘权作奸；左手执戈，右手治生；内侵于官，外采于民，此所苦一也”。二是执法宽严不等，“或有过重罚轻，法令不均；无罪被辜，以致灭身；或有重罪得宽，扶强抑弱；加以严刑，枉责其情，此所苦二也”。三是放纵恶吏，“或有纵罪恶之吏，害告诉之人；断绝语辞，蔽藏其情；掠劫亡命，其枉不常，此所苦三也”。
四是任用私人，“或有长吏数易守宰，兼佐为政，阿私所亲，枉克所恨，逼切为行，偏颇不承法制；更因赋敛，傍课采利；送故待新，夤缘征发；诈伪储备，以成家产，此所苦四也”。五是勒索民众以邀功，“或有县官慕功，赏罚之际，利人之事，买卖之费，多所裁量，转其价数，民失其职，此所苦五也”（《考黜》）。这五苦是民之五害，犯者必黜，无犯者必迁，自然政治清明。从诸葛亮列举的五苦内容来看，其价值取向是儒家的，其管理手段是法家的，是把汉代以来的“霸王道杂之”梳理为制度化建设的思想准则。
考绩和赏罚是不可分割的。诸葛亮关于赏罚的基本思想是：“赏以兴功，罚以禁奸。赏不可不平，罚不可不均。赏赐知其所施，则勇士知其所死；刑罚知其所加，则邪恶知其所畏。”他特别强调赏罚的公平，所以，尤其要注意“赏不可虚施，罚不可妄加，赏虚施则劳臣怨，罚妄加则直士恨”。与考黜上的“五苦”对应，赏罚上有“五危”：一是“必生可杀”，即对可杀之罪下不了手，如此则“众奸不禁”，必不可久。二是“必杀可生”，即对可以不杀者痛下杀手，如此则“士卒散亡”，其众必寡。三是“忿怒不详”，即意气用事而不守规则，如此则“威武不行”，见敌不起。四是“赏罚不明”，即赏罚的缘由不够清晰，如此则“下不劝功”，上无强辅。五是“教令不常”，即规则不稳定而随意变动，如此则“法令不从”，事乱不理。最严重的是“以私为公”，则会导致人有二心，国家危亡。诸葛亮在赏罚上最为注重如何做到人们心服口服，虽死无怨，他强调，赏罚必须规则先行，条件预定。“人君先募而后赏，先令而后诛。”赏罚公正，要做到“赏赐不避怨仇”，“诛罚不避亲戚”（《赏罚》）。挥泪斩马谡，最能体现这种公正观。要做到赏罚公正，政务无偏，还要控制喜怒。人的喜怒情感不可消除，然而喜要喜当喜之事，怒要怒当怒之情。“怒不犯无罪之人，喜不纵可戮之士”；反过来，“喜不可纵有罪，怒不可戮无辜”。理想的君子，应当“威而不猛，忿而不怒，忧而不惧，悦而不喜”（《喜怒》），如此方可真正建立领导人的尊严。
对于民众治理，诸葛亮强调儒家思想中的“不患贫而患不安”，同时他又用老子的“损不足以奉有馀”来解释“不均”和“不安”的根源，而关于“躬耕者少，末作者多”的担忧，还带有明显的法家印记。诸葛亮在引用老子的“不贵难得之货，使民不为盗”时，把紧接着的下句改为“不贵无用之物，使民心不乱”（老子原文为“不见可欲，使民不乱”），把道家的无为变为有为，把儒家的浮饰变为节俭，“各理其职，是以圣人之政治也”（《治人》）。他反复说明倡导俭约、反对奢侈的重要性。以俭治国，是诸葛亮的一个鲜明特色。这一特色，与蜀汉的财政状况紧密相关。
在管理者自身修养方面，诸葛亮强调正人先正己，身正而影从。“夫释己教人，是谓逆政；正己教人，是谓顺政。故人君先正其身，然后乃行其令。身不正则令不从，令不从则生变乱。”（《教令》）然而，在察人方面，诸葛亮则对法家之术有着深入的正面发掘。他认为，“外伤则内孤，上惑则下疑；疑则亲者不用，惑则视者失度；失度则乱谋，乱谋则国危，国危则不安。”所以，术的本质，是以譬喻和推理对事物形成更确切的认知。由此出发，诸葛亮提出了一些普遍性的准则以指导用术。例如，富者得志会导致贫者失时，过于吝啬会带来更大耗费，储藏越多损失也就越多，事多者烦而烦又生于先前之怠。思虑要由近及远，由表及里，由浅入深，由点到面。管理者不求超凡入圣，只求不懈提升。“洗不必江河，要之却垢；马不必骐骥，要之疾足；贤不必圣人，要之智通。”（《阴察》）
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